Müller begann seine Fußballkarriere beim TSV 1861 Nördlingen, für den er in der Saison 1962/1963 18 Treffer erzielte. Nachdem er sich beim TSV 1860 München beworben hatte, kam zur Vertragsunterzeichnung ein Vertreter Bayern Münchens dem der 60er um wenige Stunden zuvor. Müller glaubte bis zur Unterschrift, die Herren aus München seien vom TSV 1860. Doch die Bayern waren ihm genau so recht. Und so wechselte er 1964 zum FC Bayern München in die Regionalliga Süd (damals die zweithöchste Spielklasse). 1965 stieg der Verein in die Bundesliga auf. In der Aufstiegssaison erzielte Gerd Müller in seinem ersten Jahr beim FC Bayern gleich 33 Tore bei 26 Einsätzen.

Mit dem FC Bayern gewann der Stürmer viermal die Deutsche Meisterschaft, viermal den DFB-Pokal, dreimal den Europapokal der Landesmeister, einmal den Europapokal der Pokalsieger sowie den Weltpokal. Er wurde siebenmal Torschützenkönig der Bundesliga, zweimal Europas Torschützenkönig, zweimal Deutschlands Fußballer des Jahres und einmal - als erster Deutscher - Europas Fußballer des Jahres. Gerd Müller erzielte in fünf Spielzeiten je 30 oder mehr Tore, in der Saison 1971/72 erzielte er 40 Tore, eine seither nicht mehr erreichte Anzahl.

In den europäischen Vereinswettbewerben erzielte er 66 Tore in 74 Spielen und führte damit die Rangliste lange Zeit (nur Raul und Inzaghi sind knapp besser) deutlich an. 35 gelangen ihm im Europapokal der Landesmeister-Wettbewerb, in dem er mit einer Quote von 1,0 die beste Quote der Top-12-Torschützen aufweist, 20 im Europapokal der Pokalsieger-Wettbewerb, 7 im Messepokal- und 4 im UEFA-Pokal-Wettbewerb.

Im Jahr 1979 wechselte er in die North American Soccer League (NASL) zu den Fort Lauderdale Strikers, für die er bis 1981 spielte. Anschließend folgte noch ein Jahr bei dem Klub Smiths Brothers Lounge, bei dem er 1982 seine Karriere beendete. Seit Anfang der 1990er Jahre ist Gerd Müller als Co- Trainer der Bayern- Amateure beschäftigt.